Ayashi no Ceres cuenta la historia de Aya Mikage y su hermano mellizo Aki. Al cumplir 16 años, Aki y Aya son llamados por su abuelo para celebrar en su casa el cumpleaños junto con el resto de la familia. Aunque en realidad lo que querian era ver a Aya para comprobar si era la reencarnación de una diosa llamada Ceres, quién regresa reencarnandose en miembros de la familia, especialmente en mujeres para vengarse de la familia Mikage, puesto que Aki es la reencarnación de aquel hombre que le robó su manto para volver al cielo sin el cual se vió forzada a casarse y tener hijos. En la prueba se corrobora que Aya es la reencarnacion de Ceres e intentan matarla, pero, se convierte en Ceres y hace volar el cuarto. Acto seguido es salvada por Tooya, un misterioso hombre de quién se enamora a primera vista. Más tarde, viene en su ayuda Yuuhi y su hermana, que es una descendiente de la doncella celestial y escapan quedando separados Aya y Aki por su destino. Por otra parte, Tooya que está tratando de buscar en su memoria perdida, es contratado por el primo de Aya para capturar a Ceres y a cambio hablarle a Tooya de su pasado, sin embargo, duda de que hacer porque no quiere dañar a Aya.