Ya han pasado 12.000 años desde que la antigua civilización de Atlántida desapareciese, el fenómeno de los Ángeles caídos aterroriza a la población ya que tras un largo periodo de inactividad, los Ángeles han vuelto a la tierra y siguen alimentándose de los humanos para poder aumentar su aura. El proyecto aquarion sigue buscando a la reencarnación de apollonius el mítico guerrero que derroto a los Ángeles y trajo la paz al mundo, la búsqueda concluye tras el encontrón con un vagabundo de la calle llamado apollo, el chico no presenta en cuestión el mítico ala en su espalda que marcaría su anterior vida pero ¿acaso puede ser verdad que sea capaz de controlar a distancia una maquina vectorial y sea capaz de formar un ángel aquarion?.