La historia de Vandread se centra en un universo en el que hombres y mujeres viven en planetas separados, en constante guerra desde hace años, al punto que desconocen la posibilidad de coexistencia entre ambos sexos, cosa que ha sido olvidada por el paso del tiempo, y desconocida por generaciones en estos dos planetas, Tarak (el planeta de los hombres) y Mejerk (el planeta de las mujeres). La trama se centra en Hibiki, un joven de Tarak que en su afán por demostrar su hombría, es tomado prisionero durante un enfrentamiento junto a dos hombres más por un grupo de mujeres pirata y muestra las vivencias de estos en una nave repleta de mujeres; mientras se van ganando la confianza de ellas, deben enfrentarse a un enemigo desconocido que los afecta a todos: el Planeta Tierra.