Tôkyô Babylon, como ocurre con otras series, presenta una trama principal que va avanzando lentamente y una serie de casos cortos autoconclusivos que forman el contenido. Sin embargo, hay que tener unos conocimientos previos. Todo empieza diez años antes del inicio de la historia. Lady Sumeragi, 12ª líder del clan, acude a Tôkyô desde Kyôtô con su nieto Subaru para un caso. Mientras ella lo resuelve, deja a Subaru en un parque cercano, el Parque Ueno, con la orden de estarse quietecito. El niño no hace mucho caso que digamos, y, pululando por el parque, encuentra un enorme árbol, un cerezo en flor de pétalos rosa, del que surge una increíble energía de Yin, el plato negativo de la balanza del Yin y el Yang. Así, Suabru, de buena fe y gilipollas de nacimiento -que lo sepáis de antemano-, intenta exorcizar el arbolito de marras. Al probar, obviamente, su poder es insuficiente y no gana al del cerezo (que te venza una planta manda huevos...). Entonces se da cuenta de que en ese cerezo, sentad o en la copa, hay alguien más. Es un estudiante de instituto, moreno, que tiene algo en la mano, y que deja caer en ese momento. Es el cadáver de una niña. Asustado, Subaru se hace atrás, y el adolescente baja del árbol. Entonce le hace una pregunta: "¿Sabes por qué los pétalos de este cerezo son rosados, en vez de blancos como la nieve?". Subaru no sabe responder, y la solución al enigma que le da entonces el joven no puede ser más aterradora: "Porque debajo hay muertos enterrados, y éste se nutre de su sangre". Atónito, a Subaru no se le ocurre preguntar otra cosa que si esos muertos sufren U. El chico moreno sonríe, y le hace una promesa a Subaru: "Ahora te perdono la vida, pero más adelante nos volveremos a encontrar, y estaré contigo durante un año. Si en ese tiempo no siento nada por ti, te mataré". Dicho esto, cogió la mano del pequeño y grabó en ella mágicamente un símbolo: una estralla de cinco puntas (pentáculo) invertido, y desapareció en una tempestad de pétalos de cerezo. Cuando la abuela hubo vuelto y vio a Subaru al lado de aquel árbol y con aquellas marcas en los dorsos de la mano, quedó horrorizada, pues reconoció esa marca. Tras las -supongo- consiguientes "¿¡Y no te dije yo que te estuvieras quieto, hostias!?" y sendos collejones, a la abuela tampoco se le ocurrió nada mejor que ponerle al niño unos guantes a los que había imbuido un hechizo de protección para que la persona que lo había marcado como su presa no lo encontrara. Para que el Sakurazukamori, el asesino del Yin, no lo encontrara. De vuelta al presente nos encontramos con un Subaru Sumeragi de 16 años que vive solo con su hermana gemela Hokuto en un apartamento de Tôkyô. Como exorcista que es, su abuela se encarga de irle enviando las peticiones desde Kyôtô, y él va solucionando los casos (¿desinteresadamente? Lo dudo, aunque en toda la serie no le ves cobrar un yen...). Concretamente viven en Shinjuku, encima de la clínica veterninaria de un amigo de ambos: el joven doctor Seishirô Sakurazuka, en casa del cual se acoplan más que en la de ellos y viceversa. ¿Todo está en orden? ¿Por qué la abuela de Subaru desconfía de Seishirô, mientras que Hokuto intenta juntarlos? ¿Las apariencias engañan?