Yamato Kira es un joven que vive en una colonia espacial, en la cual la paz del mundo se ve afectada por una guerra entre humanos, alianza terrestre, y coordinadores, humanos con una inteligencia superior al de uno normal, iniciada por una tragedia llamada “Valentín sangriento”. A causa de esta guerra atacan la colonia donde estaba Kira con sus amigos. En medio de la confusión se encuentra con la teniente Murrue Ramius, encargada de la flota terrestre, la cual tenía su Gundam dañado. Kira repara increíblemente la maquina y lo pilotea para luchar con los enemigos de ZAFT. Su sorpresa es tal al enterarse que el piloto del gundam enemigo no es más ni menos que su amigo de infancia Athrun Zala. Luego de la batalla Kira descubre que es un coordinador, pero decide mantenerse del lado de la alianza terrestre para proteger a sus amigos. En medio de la guerra conocerá a muchas personas: Cagalli, una chica misteriosa que posee algún tipo de parentesco con nuestro protagonista; Lacus, la prometida de Athrun, Flay, una chica con un gran resentimiento hacia los coordinadores y muchos otros que se disp*taran el puesto de amigos o enemigos. Descubre por ti mismo, como acaba la guerra y cual es el destino de nuestro protagonista.